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* 通讯作者:Jinbo Xu, jinboxu@moleculemind.com 参考文献 [1] Joseph L Watson, David Juergens, Nathaniel R Bennett, Brian L Trippe, Jason Yim, Helen E Eisenach, Woody Ahern, Andrew J Borst, Robert J Ragotte, Lukas F Milles, et al. De novo design of protein structure and function with rfdiffusion. Nature, 620 (7976):1089–1100, 2023. [2] Martin Pacesa, Lennart Nickel, Christian Schellhaas, Joseph Schmidt, Ekaterina Pyatova, Lucas Kissling, Patrick Barendse, Jagrity Choudhury, Srajan Kapoor, Ana Alcaraz-Serna, et al. One-shot design of functional protein binders with bindcraft. Nature, 646 (8084):483–492, 2025. [3] Vinicius Zambaldi, David La, Alexander E Chu, Harshnira Patani, Amy E Danson, Tristan OC Kwan, Thomas Frerix, Rosalia G Schneider, David Saxton, Ashok Thillaisundaram, et al. De novo design of high-affinity protein binders with alphaproteo. arXiv preprint arXiv:2409.08022, 2024. [4] Chai Discovery Team, Jacques Boitreaud, Jack Dent, Danny Geisz, Matthew McPartlon, Joshua Meier, Zhuoran Qiao, Alex Rogozhnikov, Nathan Rollins, Paul Wollenhaupt, et al. Zero-shot antibody design in a 24-well plate. bioRxiv, pages 2025–07, 2025. [5] Luis S Mille-Fragoso, John N Wang, Claudia L Driscoll, Haoyu Dai, Talal Widatalla, Xiaowei Zhang, Brian L Hie, and Xiaojing J Gao. Efficient generation of epitope-targeted de novo antibodies with germinal. bioRxiv, 2025. [6] Hannes Stark, Felix Faltings, Min Gyu Choi, Yuxin Xie, Eunsu Hur, Timothy O’Donnell, Anton Bushuiev, Talip Uçar, Saro Passaro, Weian Mao, et al. Boltzgen: Toward universal binder design. bioRxiv, pages 2025–11, 2025. [7] BioGeometry Team and Jian Tang. Rapid de novo antibody design with geoflow-v3. bioRxiv, pages 2025–10, 2025. [8] Sheng Xu, Qiantai Feng, Lifeng Qiao, Hao Wu, Tao Shen, Yu Cheng, Shuangjia Zheng, and Siqi Sun. Foldbench: An all-atom benchmark for biomolecular structure prediction. bioRxiv, pages 2025–05, 2025. [9] Josh Abramson, Jonas Adler, Jack Dunger, Richard Evans, Tim Green, Alexander Pritzel, Olaf Ronneberger, Lindsay Willmore, Andrew J Ballard, Joshua Bambrick, et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with alphafold 3. Nature, 630 (8016):493–500, 2024. [10] Helen M Berman, John Westbrook, Zukang Feng, Gary Gilliland, Talapady N Bhat, Helge Weissig, Ilya N Shindyalov, and Philip E Bourne. The protein data bank. Nucleic Acids Research, 28 (1):235–242, 2000. [11] Claudio Mirabello and Björn Wallner. Dockq v2: improved automatic quality measure for protein multimers, nucleic acids, and small molecules. Bioinformatics, 40 (10):btae586, 2024. [12] Saro Passaro, Gabriele Corso, Jeremy Wohlwend, Mateo Reveiz, S. Thaler, Vignesh Ram Somnath, Noah Getz, Tally Portnoi, J. Roy, Hannes Stark, D. Kwabi-Addo, Dominique Beaini, Tommi Jaakkola, and Regina Barzilay. Boltz-2: Towards accurate and efficient binding affinity prediction. bioRxiv, pages 2025–06, 2025. [13] ByteDance Seed. Protenix-v2: Broadening the reach of structure prediction and biomolecular design. 2025. [14] ByteDance AML AI4Science Team, Xinshi Chen, Yuxuan Zhang, Chan Lu, Wenzhi Ma, Jiaqi Guan, Chengyue Gong, et al. Protenix—advancing structure prediction through a comprehensive alphafold 3 reproduction. bioRxiv, pages 2025–01, 2025. [15] Salvatore Candido et al. Language modeling materializes a world model of protein biology, 2026. URL https://github.com/biohub/esm. Biohub preprint. [16] Ivan Anishchenko, Samuel J Pellock, Tamuka M Chidyausiku, Theresa A Ramelot, Sergey Ovchinnikov, Jingzhou Hao, Khushboo Bafna, Christoffer Norn, Alex Kang, Asim K Bera, et al. De novo protein design by deep network hallucination. Nature, 600 (7889):547–552, 2021. 附录 A 设计 VHH 序列针对已知抗体数据库的 CDR 相似性分析 为评估设计序列相对于已知抗体序列的新颖性,我们对 338 个 VHH 序列进行了 CDR 相似性分析,涵盖 11 个靶标系统,并额外检查了每个系统中亲和力最高的 VHH 候选物。

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」赛题组成员、复旦大学出土文献与古文字研究中心副研究员任攀表示,依托甲骨文、金文、简牍等多载体权威数据,赛道将围绕古文字的检测、识别与结构化解析等关键环节展开,希望能吸引和组织更多开发者参与探索早期中华文明的数字化传承与系统性研究。
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基本上,所有生命分子及其成对相互作用都可以用 AlphaFold 3 来建模。
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8、“阿埃”战四处判罚引争议!VAR机构:认定裁判执法无误
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12306客服回应称,目前没有规定下铺旅客可以独享床下空间,其他旅客也可以放,出现问题可找列车员协调。
闪电新闻记者 张晔 陈海涛 报道齐鲁网·闪电新闻7月24日讯 在民间公益救援一线,有这样一位榜样,她以平凡之躯守护生命,用党员初心点亮希望。
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就好比家里添了智能家具(AI应用),得先把电线电路(算力底座)一并升级,日子才能过得顺。
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”余健说。那个带飞安德玛的库里,要单飞了Zr₁₆Rh₈O₄:仅将 Pd 替换为 Rh 导致晶格常数变化约 0.5%,却使超导转变温度从 2.73K 升至 3.73K。
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事发当时,蒋先生夫妇正和同学夫妇站在岸边拍照。
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闪电新闻记者 陈帅 滨州报道中央气象台官网6预警齐发:广东、河南、山东、云南、吉林等有大到暴雨;河南、安徽、江苏等有10级以上雷暴大风;浙江、四川、重庆等高温可达37~39℃。
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” 零部件、无人机系统与应急应用领域 在整机制造之外,四川企业在本届博览会上展示的产业链覆盖面同样值得关注。
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对于本场比赛的重要性,两队都心知肚明,也都做了最充分的准备。我要发布>>
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“益生菌+咖啡”的组合,隔空回应了年轻人“一边喝咖啡一边养生”的需求,百亿活菌的数字也足够有记忆点。我要发布>>